「宮古島」という名称は、「ミャーク」もしくは「ミヤク」という音に当てられた言葉のようである。
ミヤコの名称が歴史上初めて登場するのは、中国の元時代(13世紀)の歴史書『元史』の『温州府誌』からであり、「婆羅公管下密牙古人(ブラコウカンカミヤコジン)」が温州に漂着したと記述されている。
「婆羅公(ブラコウ)」とは、城辺字保良を統治していた豪族のことだといわれている。
600年以上の歴史を持つ池間島(字池間・字前里)・狩俣地区(字狩俣)に残されたアヤグ(宮古方言での詩歌のこと)によると、ミヤコ(ミャーク)とは「人(自分自身)の住んでいる所(地域・集落)」という意味である。
この場合、言葉の由来は言葉の音によって「ミ(自分)」「ヤ(住んでいる)」「ク(場所・村)」の意味に分けられる。
16世紀頃から、宮古島に住んでいた人々は、自らの住んでいるところをミャークまたはピサラ(平良)と呼ぶようになり、一時期はピサラ島とも呼んだ。
しかし、ピサラ(平良)が荷川取・西仲宗根・東仲宗根・西里・下里の5ヵ村(字)を指す名称として定着するようになると、再び島全体がミャークという名称で呼ばれるようになった。
ちなみに、ミャークの漢字表記は「密牙古」「麻姑」「宮古」と時代によって様々であった。
直角三角形のような形をした島で、北を上にした普段地図で見慣れた形だと分かりにくいが、旧下地町方(来間島方)を下にすると「猛禽類がはばたく姿」に見える。南東端に東平安名岬が、北西端に西平安名岬がある。
島の北西には池間島があり、北には大神島がある。
また、島の西には伊良部島、下地島が、南西には来間島が浮かんでいる。池間島及び来間島とは、橋で結ばれている(池間大橋1,425m、来間大橋1,690m)。
また、沖合5kmにある伊良部島への架橋も着工している(2012年度開通予定、本橋部分3,540m)。
主として石灰岩からなる台地の島で、全般に平坦。最高地点のンキャフス嶺(旧城辺町砂川小学校付近)とナカオ嶺(旧城辺町比嘉集落付近)でも標高115mである。古い文献等では島の中央部に聳える野原岳(標高108.6m)が最高地点とされていたが、後の精密な測量により最高地点ではないことがわかっている。
川らしい川はないが地下水が豊富であり、上水道の水源として湧水や地下水が利用されている。
地下水を堰き止める福里ダムや砂川ダムなどの地下ダムが建設された。
島の北側の海域には、「八重干瀬(ヤビジ、ヤエビシ)」と呼ばれる、宮古島の面積の三分の一に及ぶ浅瀬が広がっており、珊瑚が群生する漁場・ダイビングスポットとなっている。
また干潮時には海面から露出し広大な島のようになることがある。
八重干瀬沖には台風の影響でごく稀にバラス島(珊瑚の死骸が寄せ集められ島になる)が出現する時がある。
天気予報で「宮古島」という場合と「宮古島地方」という場合があるがその違いは、宮古島地方は宮古諸島全域のことを指し、宮古島の場合は宮古島地方のうち、多良間村を除く地域である。
宮古島を含め、池間島・大神島・伊良部島・下地島・来間島・水納島・多良間島をあわせて、宮古列島と呼んでいる。
無人島としてはフデ岩という島が、最近になって追加された。宮古諸島の島は9個になった。
海を隔てた南西側250kmには八重山列島、さらには台湾がある。